Z公司是一家研制數碼機械零配件的公司，研發實力較強，擁有數十項發明專利、實用新型專利，產品在行業領域內具有較強的創新性，技術處于行業領先地位。Z公司于2018年通過了高新技術企業資格重新認定，繼續享受15%的企業所得稅優惠稅率。

稅務人員在審核企業報送的2018年度企業所得稅匯算清繳申報資料時，發現Z公司填報的研發費用加計扣除金額，遠大于其財務報表中管理費用的金額，且與高新技術企業資格認定標準中的研發費用金額差異較大。

稅務人員核查發現，Z公司的研發費用輔助賬只有各費用的總和，沒有明細記錄，且Z公司加計扣除申報的研發項目眾多，而當年申報高新技術企業時提交的研發項目數量較少。稅務機關對其研發費用歸集的真實性產生疑問，要求Z公司提供研發費用輔助賬明細，并說明研發費用的歸集方法。

針對疑問，Z公司財務人員解釋道，公司在研發項目管理上采取兩級研發管理制度，即以綜合方向研究為標準的一級研發項目（一級項目）和以精細子類研究為標準的二級研發項目（二級子項目），二級子項目在設置上均包含在一級研發項目中。公司在2018年申報高新技術企業資格時，考慮到二級子項目太多、填報工作量巨大，故選擇按照一級研發項目進行申報；但是在申報研發費用加計扣除時，公司則按照二級子項目進行申報。

不管是高新技術企業資格認定標準中的研發費用，還是加計扣除的研發費用，都應以研發項目為歸集基點。根據《高新技術企業認定管理工作指引》（國科發火〔2016〕195號）和《關于完善研究開發費用稅前加計扣除政策的通知》（財稅〔2015〕119號）等文件的規定，Z公司在日常財務管理中的主要問題還有：未按規定對研發費用進行真實歸集；在高新技術企業資格重新認定和研發費用加計扣除申報中，所涉研發項目差異較大；沒有設立單獨的研發費用輔助賬等。

尤其值得一提的是，在研發項目的費用歸集上，Z公司財務人員根據各研發項目成果取得的收入占比，將符合條件的研發費用直接分攤，從而整理出高新技術企業認定申請時所需要的研發費用輔助賬。為減輕工作負擔，財務人員直接按填報的高新技術企業研發費用的60%，填報了2018年度研發費用加計扣除的金額。

因此，稅務機關初步判定Z公司的研發費用歸集方法存疑，要求Z公司書面解釋研發項目存在差異的原因，并規范研發費用的核算制度，完善研發費用輔助賬。如后續審查依然存疑的，則考慮向高新技術企業認定機構提請對其高新技術企業資格進行復核。

目前，研發費用歸集有三個口徑，分別是會計核算口徑、高新技術企業認定口徑以及加計扣除稅收規定口徑。在日常工作中，建議企業規范和加強研發費用的日常管理，合規享受稅收優惠。

一方面，規范研發項目的管理，注意研發費用加計扣除申報資料與高新技術企業申報資料的一致性。如果兩者的研發項目在數量、內容上差異過大，且缺少合理的解釋，稅務機關可能會對企業申報資料的真實性產生懷疑。實務中，除了常規的單層級研發項目管理模式外，還可從適合日常經營和納稅申報的角度出發，選擇不同的研發項目管理模式。

另一方面，實現研發費用的核算管理日常化。企業應制定一套完整的研發費用核算體系，完善研發費用輔助賬，將研發費用的核算管理日常化。企業研發部門應將項目產生的費用明細，包括項目名稱、項目人員、費用發生日期等信息及時反饋到財務部門，財務部門應及時統計研發費用，確定好研發費用分攤方法，編制好相應的研發費用輔助賬，為研發費用加計扣除和高新技術企業資格認定申報打好基礎。